Menos de dos meses después de su último partido defendiendo la banda roja, Ignacio Fernández volvió al Monumental y recibió el afecto de los hinchas, en una jornada ajena a la opacidad de la mala campaña del año anterior.
Su primer enfrentamiento contra River fue el 4 de agosto de 2013, en la primera fecha del torneo Inicial: Gimnasia, recién ascendido, ganó 1-0 con un penal de Lucas Licht; Fernández fue titular y fue reemplazado a los 19 minutos del segundo tiempo. El 10 de agosto de 2014, por el Torneo de Transición, jugó los 90 minutos en el empate 1-1 en La Plata. El 29 de marzo de 2015 volvió a estar en el equipo completo en la derrota 3-2 en el Bosque; en ese partido convirtió de tiro libre el primer gol que le marcó a su futuro club.
Tras el interés de Lanús en 2015, el técnico Pedro Troglio lo convenció de quedarse un torneo más en Gimnasia. A principios de 2016 pasó a River Plate, donde se consolidó como una figura clave y formó parte, entre otros hitos, del plantel campeón de la Copa Libertadores 2018 en Madrid.
La única vez que jugó en el Monumental contra River sin la camiseta de Gimnasia fue en la ida de cuartos de la Copa Libertadores 2021, vistiendo la camiseta de Atlético Mineiro: fue la figura del partido, marcó el único gol y fue expulsado sobre el final, en un encuentro que se disputó sin público por las restricciones sanitarias.
En su reciente regreso al estadio, además de recibir un reconocimiento por su trayectoria —en particular por los 315 partidos que jugó con River—, saludó a sus excompañeros. En el desarrollo del partido, una expulsión dejó a Gimnasia con diez jugadores.
